投降的福建水师将领们命令各自军舰上的部下们易帜反正加入革命，而投降的炮台守将们则掩护粤军海军陆战队进入马尾军港各个炮台，轻易夺取了炮台控制权。

晚上10点左右，粤军已经控制了整个马尾军港，福建水师的元凯、超武、靖海、泰安、镇海、登瀛洲、楚材等老式巡洋舰和炮舰，以及张、军两队鱼雷艇纷纷升起彩虹旗易帜投降。

马尾军港已经应列强们的要求被废除停用，除了船厂外已经没有什么像样的军事设施防御了。也正因为如此，所以清末海军因为没有基地而在只能在上海高昌庙和浙江象山重建海军司令部和军事基地。

控制了马尾之后，广东海军沿着闽江逆流而上，直捣福州城区。

9日凌晨，王远云指挥粤军海军陆战队向于山发起总攻。陈耀明率领百灵鸟大队，以“保护领事馆区和外侨”等名义，迅速并占领银元局、厘税局等金融机构，控制福建资金，同时对领事馆区的列强军队和巡捕房保持警戒。

凌晨3点左右，王远云率队攻入于山，并控制了于山各个交通要道和山隘险地。

于山俯瞰福建将军朴寿的老巢旗营，为必争之地。旗军疏于防范失此先着，成为困守一隅之局。加上福州将军朴寿所部八旗捷胜两营主力已经在黄冈溪全军覆没，此时老巢内不过八百余人留守，且群龙无首。

而粤军海军陆战队原有500来人，加上萨镇冰北洋海军陆战队1000余人合并进来后，总计1500余人，又占了地势，兵力强大锐不可当。

9日拂晓5时，号炮鸣响，王远云都督左路军，陈绍宽代为都督右路军，左右开弓开始进攻福建将军署。

黄钟英代为总督陆战队炮兵，6门57步兵炮集中火力轰击福建将军署，旗军巡防营死伤颇多。

早上六点半，旗人巡防营势不能支，士无斗志，在城上竖起白布降旗，上书：“将军出走，停战议和。”

王远云命手下人通知旗军“他们的将军朴寿已死，拒绝议和”。

粤军置之不理，继续炮击。

早上7点20分时，清军伤亡惨重，又在于山天君殿前门的标杆上，挂一面白布阵旗，上书：“请求停火，愿将全部缴械乞降。”

战至此时，福州留守巡防营四百余人投降，粤军突袭福州成功。

上午8点，王远云率军进入总督衙，并按照龙啸卿的密令立即组建福建军政府。