宋教仁紧急向同盟会总部求救，孙中山于是急令山西太原方面的同盟会成员们组织起义，意图切断清廷通过铁路对袁世凯的补给，延缓袁世凯的攻势。

在太原的同盟会员密谋响应，但因新军有枪无弹（当局害怕起义收走了子弹），未能发难。6月15日，清廷彻底失去何宗莲的消息，认为何宗莲已经垮了，因此将主要战略目标从广东转移至湖北，希望先消灭湖北革命军再掉头对付龙啸卿。

于是，清廷为了加速湖北攻势，终于调山西新军第八十五标南下帮助平乱。

可以说清政府已经到了病急乱投医的地步，竟是忘记了福建新军第十镇全镇起义的教训，让山西新军领到了子弹。

阎锡山等同盟会员当即决定起义，于16日晨，该标同盟会员杨彭龄、张煌等宣布起义，公推管带姚以价为起义军总司令。起义军攻入城内，杀死山西巡抚陆钟琦，成立军政府，公推阎锡山为都督。

阎锡山知湖北革命军危在旦夕，因此急忙命起义军出兵京汉铁路，意图拦截清廷南下补给火车，掐断袁世凯的补给线。

清廷大惊，立即派第六镇统制吴禄贞率部镇压。吴禄贞本向往民主革命，先前曾参加过唐才常的自立军反清起义和华兴会的长沙起义，早已是个革命者，此时准备联合山西革命军在北方革命，遂邀阎锡山于6月20日在娘子关会晤，商定共组燕晋联军。会晤上，吴禄贞任大都督兼总司令，阎锡山任副都督兼副总司令。阎锡山即派一营军队开赴石家庄，与第六镇官兵共同截断京汉铁路，扣留了清政府运往武汉前线的军用物资。

袁世凯得知后院起火，急需的补给物资被阎锡山和吴禄贞冻结了，立即停止对汉口的攻势，命段祺瑞回师救援，灭后院的火。

这次突发事件造成袁世凯错失第二次剿灭湖北革命军的机会，而湖北新军压力骤减，急忙请各省革命军入湖北救命。

第1协王隆中部率领首批援鄂军第二批湘军甘兴典、何澄志等部3000余人抵达湖北，有了生力军的加入，湖北局势顿时稳定下来。

然而，湖北暂时稳定了，但湖广之湖南省却是发生了兵变。

18日，湖南军政府革命党同立宪派就共和和立宪一事闹翻了。由于革命党控制的湘军北上进入湖北，结果留在湖南的力量太小，革命党人焦达峰、陈作新被杀，立宪派控制军政府，由谭延闿继任都督。

突如其来的变故令同盟会措手不及，革命党人选择了忍让，孙中山对于两次抓捕过他的谭延闿选择了退让，这样湖南军政府变成了立宪派的政府。

同样，立宪派内部也不和，因此湖南军政府依然支持革命，没有跟同盟会决裂，但不在出兵、出饷给湖北。

同盟会革命军武器装备太差，弹药匮乏。湖南不给钱后，同盟会只好另想办法，于是命令黄兴跟龙啸卿谈判，请粤军北上支援，或者派海军进入长江帮忙，或者接济些武器弹药。

孙中山表示，黄兴可以直接代表同盟会和湖北革命政府同龙啸卿谈判，一切签署的协议同盟会和湖北军政府全部承认，务必要得到龙啸卿的火力支援，务求保住当前的革命形势，将革命进行到底。